Modélisation de la distribution du Crapaud vert dans le Grand Est en vue de la mise en place d’un suivi sur le long terme.

Le Crapaud vert Bufotes viridis (Amphibia: Bufonidae) est une espèce patrimoniale en limite d’aire de répartition dans la région Grand Est. Elle bénéficie d’un Plan national d’actions qui a pour objectif de maintenir les populations dans un bon état de conservation. Afin de connaître la tendance des populations et d’évaluer le succès des opérations de gestion, il est envisagé de mettre en place un suivi sur le long terme. En préliminaire à ce travail, nous souhaitons générer des cartes de distribution potentielle de l’espèce afin d’identifier les secteurs actuellement inoccupés mais qui pourrait le devenir dans le futur.

Ainsi, l’objectif du stage sera de dresser des modèles de distribution d’espèces (SDM) à partir de données de présence disponible dans les bases de données de BUFO et du CEN-Lorraine, en utilisant différentes covariables liées au climat (présent et futur), à la topographie, et à l’occupation des sols. Le stagiaire aura à charge de générer plusieurs modèles de distribution en utilisant une sélection de classes de modèles disponibles (BRT, SRE, CTA, RF, MARS, FDA, MAXENT,ENFA…), de les tester et les comparer grâce à des analyses post-hoc (TSS, ROC…). Tout ce travail s’effectue en langage R, et il est recommandé d’être familier avec le langage car le projet va induire beaucoup de codage. De plus, il existe une abondante littérature scientifique sur les SDM, et il est recommandé d’être à l’aise avec la lecture d’articles scientifiques en anglais. Pour le déroulé du stage, l’étudiant sera amené à développer une réflexion méthodologique et scientifique basée sur un socle théorique robuste, de mettre en œuvre les méthodes, et de rédiger un rapport présentant les méthodes, les résultats, et leurs implications. L’étudiant pourra dans ce cadre être initié aux outils de gestion de bibliographie (Mendeley) ainsi qu’à la suite LaTeX pour la rédaction du rapport. Des SDM ont déjà été produits par l’association BUFO, et des scripts en R sont ainsi disponibles et pourront servir de support pour démarrer le travail.

L’étudiant sera encadré par Jean-Pierre Vacher, responsable scientifique de l’association.

Les compétences requises sont les suivantes :

• Être familier et à l’aise avec le codage en langage R
• Rigueur et esprit scientifique, esprit critique
• Bonne compréhension de l’anglais écrit
• Aptitudes à la rédaction

Planning prévisionnel (les dates sont modulables en fonction des contraintes de l’étudiant)

• 15 mars–11 avril : état de l’art bibliographique (lecture d’articles, mises en forme d’une base de données bibliographique), prise en main des outils de modélisation et manipulation des données disponibles. Premiers tests, réalisation des cartes de modélisation
• 12 avril–15 mai : Poursuite des analyses, tests post-hoc, production de nouvelles cartes, comparaison des cartes produites par les différentes méthodes, mise en forme des résultats. Quelques jours de prospection sur le terrain sont prévus durant cette période pour se familiariser avec le modèle d’étude, et également pour avoir une idée claire du type de données et d’habitats dont il est question pour la modélisation.
• 16 mai–31mai : rédaction du rapport de stage

Le stage se déroulera dans les locaux de l’association BUFO au 8 rue Adèle Riton, 67000 Strasbourg.

Merci d’envoyer votre candidature par e-mail adressée à Jacques Thiriet, Président de l’association, et Jean-Pierre Vacher, responsable scientifique, à l’adresse suivante : jp.vacher@bufo-alsace.org

Il n’y a pas de date limite, nous étudierons les candidatures jusqu’à ce que le stage soit pourvu.